frasyr

The Japanese Fisheries Research Agency provides the method for calculating sustainable yield with R.
https://github.com/ichimomo/frasyr

Category: Biosphere
Sub Category: Marine Life and Fishery

Last synced: about 3 hours ago
JSON representation

Repository metadata

Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

README.md

frasyr

Build status
Codecov test coverage

  • Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R
  • VPAを用いた資源量推定と,その推定結果をもとにしてMSYを基礎とした目標管理基準値を計算するためのRのパッケージです.開発途中のものであること,ご承知おきください.

使い方など

https://ichimomo.github.io/main/ に一括した情報へのリンクがあります

インストール方法

# devtoolsをインストールしていない人はインストールする
install.packages("devtools")

# 開発中の最新版をインストールする
# ref=""で開発中のブランチを指定します。だいたい、"dev"ブランチに開発中のものがあります
devtools::install_github("ichimomo/frasyr", ref="dev")

# 過去の安定版を指定してインストールする場合
# @以下にリリースバージョンを指定します
devtools::install_github("ichimomo/frasyr@v1.00")

# 以上の操作をしてfrasyrをインストールしてから、以下のコマンドで呼び出します
library(frasyr)

リリースバージョン

最新のリリース状況についてはこちらを参照ください https://github.com/ichimomo/frasyr/releases

以下は過去のリリースです

  • v1.00 : future-rvpaから移動してきたほぼそのままのバージョン
  • v1.10 : future.vpaにuse.MSEオプションを追加
  • v1.20 : 2019年アジ・イワシ事前検討会用
  • v2.00 : 2020年アジ・イワシ研究機関会議用(事前配布版)
    • 将来予測のメイン関数をfuture.vpaからfuture_vpaに移行。基本的な使い方は以下のマニュアルのリンク先を参照のこと
  • v2.01 : 2020年アジ・イワシ研究機関会議用(最終版)
    • fit.parでL1の場合のSDをRMSEに統一
  • v2.1.0.0 : 2020年度資源評価会議用プロトタイプバージョン
    • VPAを用いたモデル診断スクリプトをvignetteに追加
    • 途中でプラスグループが変わる(対馬マイワシ)VPAの計算を修正
    • ほか、関数のテストを充実。

マニュアル

  • VPAによる資源量推定 vignette
  • VPAモデル診断スクリプト vignette
  • fitSR関数による再生産関係推定 vignette

これらはRコマンドで以下のようにしても見れます。

devtools::install_github("ichimomo/frasyr", ref="dev", build_vignettes=TRUE) # インストールするときにvignetteを作る(時間かかります)
library(frasyr)
vignette(package="frasyr") # 利用可能なvignetteを調べる
vignette("vpa",package="frasyr") # VPAの実施のしかた
vignette("Diagnostics-for-VPA",package="frasyr") # VPAのモデル診断
  • 将来予測関数の使い方:wiki

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frasyr_tool群の全体説明はこちら


Owner metadata


GitHub Events

Total
Last Year

Committers metadata

Last synced: 6 days ago

Total Commits: 1,401
Total Committers: 23
Avg Commits per committer: 60.913
Development Distribution Score (DDS): 0.501

Commits in past year: 43
Committers in past year: 5
Avg Commits per committer in past year: 8.6
Development Distribution Score (DDS) in past year: 0.535

Name Email Commits
Momoko Ichinokawa i****5@g****m 699
ShotaNishijima n****h@g****m 127
fshin3 f****3@g****m 123
Akira Hayashi s****d@m****m 117
Mitsuyo Miyagawa m****i@g****m 76
Kohei Hamabe h****k@a****p 73
ichimomo i****9@f****p 36
Kohei Hamabe 0****0@m****p 33
Osamu Sakai s****s@f****p 20
Kohei Hamabe h****a@g****m 18
Akira Hayashi a****7@g****m 17
JK-junkin k****j@a****p 14
Shin FUKUI f****3@n****l 13
hamabek h****0@f****p 10
Hiroshi Okamura 4****i 8
AnguillaJaponica z****7@g****m 4
MIYAGAWA Mitsuyo 0****8@f****p 4
Junichi Imoto j****o@1****l 2
ichimomo i****o@a****p 2
snaoto n****d@g****m 2
akihirao a****o@g****m 1
Kohei Hamabe 6****E 1
snaoto 3****o 1

Committer domains:


Issue and Pull Request metadata

Last synced: 7 days ago

Total issues: 63
Total pull requests: 235
Average time to close issues: 12 months
Average time to close pull requests: 23 days
Total issue authors: 8
Total pull request authors: 8
Average comments per issue: 1.17
Average comments per pull request: 0.29
Merged pull request: 201
Bot issues: 0
Bot pull requests: 0

Past year issues: 3
Past year pull requests: 21
Past year average time to close issues: 3 days
Past year average time to close pull requests: 15 days
Past year issue authors: 2
Past year pull request authors: 5
Past year average comments per issue: 0.67
Past year average comments per pull request: 0.1
Past year merged pull request: 10
Past year bot issues: 0
Past year bot pull requests: 0

More stats: https://issues.ecosyste.ms/repositories/lookup?url=https://github.com/ichimomo/frasyr

Top Issue Authors

  • ichimomo (36)
  • Rindrics (11)
  • ShotaNishijima (6)
  • osamusakai (4)
  • KoHMB (3)
  • JK-junkin (1)
  • fshin3 (1)
  • sayokoisu (1)

Top Pull Request Authors

  • ichimomo (148)
  • Rindrics (36)
  • mmitsuyo (16)
  • ShotaNishijima (12)
  • fshin3 (10)
  • KoHMB (7)
  • YagiTatsunori (4)
  • OkamuraHiroshi (2)

Top Issue Labels

  • help wanted (2)
  • future improvement (2)
  • bug (2)

Top Pull Request Labels


Dependencies

DESCRIPTION cran
  • R >= 3.5.0 depends
  • EnvStats * imports
  • GGally * imports
  • RcppRoll * imports
  • TMB * imports
  • assertthat * imports
  • covr * imports
  • doParallel * imports
  • dplyr * imports
  • forcats * imports
  • foreach * imports
  • formattable * imports
  • ggplot2 * imports
  • ggrepel * imports
  • gridExtra * imports
  • magrittr * imports
  • patchwork * imports
  • purrr * imports
  • readr * imports
  • rmutil * imports
  • splus2R * imports
  • stringr * imports
  • testthat * imports
  • tibble * imports
  • tidyr * imports
  • knitr * suggests
  • rmarkdown * suggests
.github/workflows/pkgdown.yaml actions
  • actions/cache v1 composite
  • actions/checkout v2 composite
  • r-lib/actions/setup-pandoc v2 composite
  • r-lib/actions/setup-r v2 composite
.github/workflows/check-standard.yaml actions
  • actions/checkout v4 composite
  • r-lib/actions/check-r-package v2 composite
  • r-lib/actions/setup-pandoc v2 composite
  • r-lib/actions/setup-r v2 composite
  • r-lib/actions/setup-r-dependencies v2 composite
  • r-lib/actions/setup-tinytex v2 composite
.github/workflows/test-coverage.yaml actions
  • actions/checkout v4 composite
  • actions/upload-artifact v4 composite
  • r-lib/actions/setup-r v2 composite
  • r-lib/actions/setup-r-dependencies v2 composite

Score: 7.750614732770409