CafriplotsR

Package R pour la gestion et l'exploration de la base de données des parcelles forestières d'Afrique centrale réseau cafriplot

Aperçu

CafriplotsR fournit des outils pour interroger une base de données PostgreSQL contenant des données d'inventaires forestiers d'Afrique tropicale.
Le package offre des fonctions et des applications Shiny pour (1) gérer les mesures d'arbres individuels sur lesquelles des mesures (ou observations) de traits sensus largo au niveau du taxon ou de la tige peuvent être agrégées, (2) standardiser les informations taxonomiques et les enrichir avec des traits au niveau du taxon.
L'avantage de ce package est de permettre la gestion des inventaires, traits et observations sous le même référentiel taxonomique, facilitant ainsi l'intégration des données, la reproductibilité dans l'analyse et la manipulation des données, et la réutilisabilité des données.

Fonctionnalités principales :

• Interroger les données de parcelles, les mesures d'arbres individuels et les caractéristiques écologiques
• Accéder et agréger les traits sensus largo au niveau de l'espèce
• Application Shiny pour standardiser et corriger votre propre liste de noms taxonomiques

Installation

# Installer depuis GitHub
install.packages(c("tidyverse", "dbplyr", "devtools"))
devtools::install_github("umr-amap/cafriplotsR", upgrade = "never")

En cas de connexion internet lente, l'installation depuis GitHub ci-dessus peut échouer.
Vous pouvez essayer de lancer d'abord cette ligne de code dans la console, elle augmentera le délai d'attente pour l'installation :

options(timeout = max(3000, getOption("timeout")))

Note : L'accès à la base de données est restreint et nécessite des identifiants appropriés.

Logique du Package et Contrôle d'Accès

Le package CafriplotsR offre des outils pour manipuler, exporter, visualiser, standardiser et enrichir les données d'inventaire de plantes d'Afrique centrale.

Modèle d'Accès

Le package implémente un système d'accès à deux niveaux :

1. Inventaires de parcelles (sécurité au niveau des lignes) :

   • Chaque utilisateur a accès à ses propres parcelles, contrôlé par des politiques de sécurité au niveau des lignes de la base de données
   • Les politiques définissent quelles parcelles spécifiques chaque utilisateur peut interroger et mettre à jour
   • Assure que les fournisseurs de données gardent le contrôle sur leurs inventaires contribués
   • Certains inventaires sont accessibles à tous les utilisateurs

2. Traits au niveau de l'espèce (accès pour tous les utilisateurs) :

   • Tous les utilisateurs ont un accès en lecture à la base de données taxonomique
   • Ces données sont greffées et agrégées aux inventaires

Ce design assure la souveraineté des données pour les propriétaires de parcelles tout en permettant à la communauté de recherche de bénéficier des connaissances taxonomiques et de traits partagées.

Développements Futurs

• Données d'occurrence d'espèces : Accès libre aux enregistrements d'occurrence à travers l'Afrique centrale (pas encore implémenté). La base de données RAINBIO (uniquement pour les arbustes et arbres) sera accessible et interopérable avec les inventaires.

Architecture de la Base de Données

Le package se connecte à deux bases de données PostgreSQL :

1. Base de données principale (plots_transects) : Données de parcelles, sous-parcelles et arbres individuels
2. Base de données taxonomique (rainbio) : Informations taxonomiques et traits au niveau de l'espèce

Démarrage Rapide

library(CafriplotsR)

# Se connecter aux bases de données
mydb <- call.mydb()
mydb_taxa <- call.mydb.taxa()

# Interroger les parcelles
plots <- query_plots(id_plot = c(1, 2, 3))

# Interroger les parcelles
plots <- query_plots(country = "GABON")

# Visualiser la structure de la base de données
get_database_fk(mydb)

Fonctions Principales

Gestion des Connexions

• call.mydb() - Se connecter à la base de données principale
• call.mydb.taxa() - Se connecter à la base de données taxonomique
• cleanup_connections() - Fermer toutes les connexions
• db_diagnostic() - Diagnostics de connexion à la base de données

Interrogation des Données

• query_plots() - Interroger les métadonnées des parcelles ou les individus

Documentation

• Aide des fonctions : Utilisez ?nom_fonction pour une documentation détaillée
• Journal des modifications : Voir NEWS.md pour l'historique des versions et les mises à jour

Mises à Jour Récentes

Voir NEWS.md pour les derniers changements, incluant :

• Changements majeurs et guides de migration
• Nouvelles fonctionnalités et améliorations
• Corrections de bugs et améliorations

Métadonnées du Package

• Auteurs : Gilles Dauby, Hugo Leblanc, Pierre Ploton
• Mainteneur : Gilles Dauby (gilles.dauby@ird.fr)
• Licence : GPL-2
• Version R minimum : 4.0

Contribuer

Ce package suit un workflow de branches git :

• Toutes les modifications de code sont faites sur des branches de fonctionnalité
• Les changements sont documentés dans NEWS.md
• Les pull requests sont revues avant la fusion dans master

Support

Pour les problèmes, questions ou demandes de fonctionnalités, contactez le mainteneur du package.

Citation

Pour citer CafriplotsR dans vos publications, utilisez :

citation("CafriplotsR")

Ou manuellement :

Dauby, G., Leblanc, H., & Ploton, P. (2024). CafriplotsR: Tools for Exploring, Managing and Standardizing Vegetation Inventories in Central Africa. R package version 1.8.0. https://umr-amap.github.io/cafriplotsR/

Entrée BibTeX :

@Manual{cafriplotsr,
  title = {CafriplotsR: Tools for Exploring, Managing and Standardizing Vegetation Inventories in Central Africa},
  author = {Gilles Dauby and Hugo Leblanc and Pierre Ploton},
  year = {2024},
  note = {R package version 1.8.0},
  url = {https://umr-amap.github.io/cafriplotsR/}
}